こんにちは！ペンデル税理士法人医業経営支援部の親泊です。
2023年のインボイス制度開始以来、多くの小規模事業者や免税点付近のクリニックを
支えてきた「2割特例（納付税額を売上税額の2割とする経過措置）」が、
いよいよ令和8年（2026年）9月30日を含む課税期間をもって終了します。
しかし、事務負担や税負担の急増を懸念する声に応える形で、令和8年度税制改正により、
個人事業者に限定した新たな軽減策「3割特例」が創設される見込みです。
これにより、令和9年（2027年）分および令和10年（2028年）分の確定申告においても、
納付税額を売上税額の3割に抑えることが可能となります。
これは経営者にとって「負担緩和措置」ともいえる措置ですが、
「法人（MS法人など）は対象外」という適用対象の違いがある点に注意が必要です。
（コラムの内容は公開時の法律等に基づいて作成しています）
簡易課税制度への移行手続きが「緩和」
インボイス制度の経過措置を適用している期間は、事前の届出なしに
申告時に特例を選択できましたが、「簡易課税制度」を適用するには本来、
適用を受けようとする期間の初日の前日までに届出書を提出しなければなりません。
ここで、ペンデルとして強調したいのが移行手続きに関する特例（みなし規定）の活用です。
- 個人事業者の場合
3割特例の適用期間終了後、その翌課税期間に係る「確定申告期限」までに
簡易課税選択届出書を提出すれば、その期間から簡易課税の適用が認められます。
例えば、令和11年（2029年）から簡易課税を適用したい場合、
令和12年3月末の申告期限までに提出すれば間に合います。
- 法人の場合
3割特例は適用されませんが、2割特例終了後の簡易課税移行については
個人と同様の措置が講じられます。
令和8年10月1日以降に終了する課税期間の翌期間について、一定の経過措置により、
その翌課税期間の確定申告期限の届出までに提出すれば当該（翌）課税期間から
適用できる特例が設けられています。
損をしないための「ペンデル流」経営判断
今回の改正で最も危険なのは、「うちはずっと特例でいける」という思い込みです。
特にMS法人を活用しているケースでは、令和8年10月以降、法人の消費税負担が先行して
増加します。
「本則課税」か「簡易課税」か、あるいは「3割特例」を維持すべきか。
この判断を誤ると、税負担に大きな差が生じる可能性があります。
ペンデル税理士法人では、貴院の経費率や設備投資計画を詳細に分析し、
「申告期限ギリギリまで、どの方式が最も手残りを最適化できるか」を
精緻にシミュレーションいたします。
納税は義務ですが、過剰な支払いは経営リスクです。制度が複雑化した今こそ、
医業経営に特化したペンデルの専門知見をご活用ください。
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（参考）
国税庁：インボイス制度に関するQ&A
財務省：令和8年度税制改正の大綱（令和7年12月26日閣議決定）（PDF）
