こんにちは！ペンデル税理士法人医業経営支援部の親泊です。
ゴールデンウィークが明け、医療現場も活気を取り戻している頃かと存じます。
さて、経営に携わる院長先生や理事長先生にとって、この2026年（令和8年）4月は
税務上の大きな転換点となりました。
防衛力の抜本的な強化を目指す財源確保の一環として、新しい国税である
「防衛特別法人税」の課税が、2026年4月1日以後に開始する事業年度から
スタートしたためです。
一定以上の利益を計上する医療法人が対象となる可能性があるこの新税について、
その仕組みと実務上の注意点を詳しく解説いたします。
（コラムの内容は公開時の法律等に基づいて作成しています）
防衛特別法人税の仕組み：法人税額に課される「付加税」
防衛特別法人税は、通常の法人所得に対して直接課されるのではなく、計算された
「法人税額」を課税標準とする、いわゆる「付加税（法人所得そのものではなく、
「法人税額」を基準に計算される付加税方式）」の形をとっています。
- 計算式： （基準法人税額 － 500万円） × 税率4％
- 基準法人税額とは： 各種税額控除等を適用する「前」の法人税額を基礎として計算されます。
ここで注目すべきは、「500万円の基礎控除」が設けられている点です。
これにより、小規模なクリニックや利益が一定水準以下の医療法人の多くは、
実質的にこの新税の負担が生じない仕組みになっています。
医療法人の分岐点は「年間所得 概ね2,400万円」
では、具体的にどれくらいの利益が出ると納税義務が発生するのでしょうか。
持分なし医療法人や、資本金1億円以下の中小医療法人の場合、
法人税率は「年800万円以下の所得に対しては15％」「それを超える所得に対しては23.2％」の
二段階になっています。
この計算に基づくと、一般的な中小医療法人では、年間所得がおおむね2,400万円前後を
超えると、課税が発生し始めるケースが想定されます。
所得3,000万円の場合： 法人税額（概算）は約630万円となり、基礎控除500万円を引いた「130万円」に対し、4％（5.2万円）が防衛特別法人税として課されます。
所得2,400万円以下： 防衛特別法人税は実質0円。
最大の注意点：納税額が「0円」でも申告書の提出は必須！
今回の制度導入において、院長先生が最も注意すべき実務上のポイントは、
「法人税申告が必要な法人は、防衛特別法人税額がゼロの場合でも、
所定の申告書提出が必要」という点です。
通常の法人税申告書（別表一）に加え、新たに設けられた防衛特別法人税に関する明細書を
セットで提出する必要があります。
「税額が発生しないから出さなくていい」と思い込んで無申告の状態にしてしまうと、
税務コンプライアンス上のリスクとなるだけでなく、後々の税務調査等で
指摘を受ける原因になりかねません。
2026年度以降の決算では、この「0円申告」の徹底が不可欠です。
院長先生が今準備すべきこと
2026年度（令和8年度）は、この新税の影響を初めて受ける年となります。
利益が分岐点の2,400万円前後で推移している医療法人の場合、役員報酬の見直しや、
以前ご紹介した「少額減価償却資産の特例（40万円拡充）」などを活用した
設備投資のタイミング調整や、役員報酬の見直しを踏まえた、適切な利益計画が必要です。
ペンデル税理士法人では、新税導入に伴う複雑な申告実務はもちろん、
医療法人の収支計画に基づいた最適なタックスプランニングをご提案しております。
新制度への対応に不安がある方は、ぜひお気軽にご相談ください。
（ペンデルへのお問い合せ はこちらから）
