こんにちは！ペンデル税理士法人医業経営支援部の親泊です。
清掃、ホームページ管理、医療機器の保守など、クリニックではさまざまな業務を外部に委託しています。院長先生、「毎月同じ金額だから」と、中身も見ずに請求書へハンコを押していませんか？
2026年10月からインボイス制度の経過措置が変更された今、契約金額と会計処理のズレを放置するのは経営者として危険です。さらに恐ろしいのは、生半可な知識で「相手がインボイス未登録だから、今月から消費税分は払わないぞ」と極端な対応に走ってしまうケースです。
（コラムの内容は公開時の法律等に基づいて作成しています）
「月額10万円」は税込か、税別か。どんぶり勘定のツケ
例えば、通常10％課税となるホームページ管理業務を「月額10万円」で依頼しているとします。これが税込なら支払総額は10万円ですが、税別なら11万円です。もし認識が違えば、年間12万円もの差額が生じます。
契約書に明記がないからといって、自院に都合よく解釈できるわけではありません。見積書、発注時のメール、過去の支払状況などを遡って確認する責任があります。「インボイスがない」ことだけを理由に、約束した支払額を一方的に減らせる法律など存在しません。
「未登録なら消費税分を全額引く」という院長の勘違い
「取引先が免税事業者だから、消費税分を全額差し引いて振り込んでおいて」。もし、院長が事務長や経理担当者にこんな指示を出しているなら、今すぐ撤回する必要があります。
力関係を笠に着た一方的な減額通告は、下請法や独占禁止法上の「優越的地位の濫用」として問題になるリスクがあります。「あのクリニックは取引先を泣かせている」という悪評は、想像以上に早く地域や業者間に広まります。目先の数千円、数万円を出し渋った結果、いざという時に保守業者が動いてくれない、清掃業者が撤退するといった事態になれば、診療体制そのものに支障をきたすでしょう。
自院の「本当の税負担」を理解していますか？
そもそも、インボイス発行事業者以外への課税仕入れについても、2026年10月1日から2028年9月30日までは「原則として消費税相当額の70％を控除できる」という経過措置があります。以前の予定だった「10月から50％」のまま、会計ソフトの設定が放置されていませんか？
さらに言えば、すべてのクリニックで外注費の消費税がそのまま控除できるわけではありません。免税事業者の医院にはそもそも仕入税額控除はありませんし、簡易課税を適用している場合も、個々の外注費ではなく売上げに基づいて計算します。一般課税であっても、社会保険診療は非課税売上げです。
自院の税負担への影響額も正確に把握しないまま、感情的に値下げ交渉を始めるのは、経営者としてあまりに無策かもしれません。
まずは税理士と影響額の計算を
取引先との協議は、まず税理士と「実際の影響額」を正確に算出してから行うべきです。そのうえで変更が必要であれば誠実に協議し、合意内容は「税込・税別、適用開始日、登録状況が変わった場合の連絡方法」まで、必ず書面に残してください。
【院長のための実務チェックポイント】
- 「未登録業者への支払いを減らせ」と一方的な指示を出していないか、自らの言動を振り返る。
- 11月の支払処理前に、経理担当者に契約書・請求書・相手の登録状況を照合させる。
- 自院の消費税の計算方法（免税・簡易・一般）と、10月以降の会計ソフトの設定を税理士に確認する。
ペンデル税理士法人では、医療機関・医療法人の税務、会計、資金繰り、事業承継、医業経営についてご相談をお受けしています。自院の状況を確認したい方は、お気軽にお問い合わせください。ご相談時には、業務委託契約書をご用意ください。
（参考）
国税庁：「令和8年度税制改正特集」
国税庁：「No.6401 仕入控除税額の計算方法」
公正取引委員会：「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」
