こんにちは！ペンデル税理士法人医業経営支援部の親泊です。
個人事業主としてクリニックを経営されている院長先生にとって、毎年の確定申告における「青色申告特別控除」は欠かせない制度です。しかし、直近の令和8年度税制改正において、この青色申告特別控除の適用要件が大きく見直されることになりました。
今回の改正は、「帳簿のデジタル化・水準向上」と「事業規模」をより厳密に対応させることを目的としており、適用は令和9年分以後の所得税からとなります。
（コラムの内容は公開時の法律等に基づいて作成しています）
収入1,000万円超の「簡易簿記」ユーザーは10万円控除が対象外に
最も注意が必要なのは、現在「簡易な簿記の方法（単式簿記）」で記帳し、10万円の青色申告特別控除を受けているケースです。
改正により、前々年分（令和9年分であれば令和7年分）の事業所得等に係る総収入金額が1,000万円を超える場合、簡易簿記による10万円の控除対象から一律で除外されることになりました。
多くの個人クリニックでは、医業収入が1,000万円を超えるケースが一般的です。そのため、前々年の医業収入が1,000万円を超え、簡易簿記で記帳し続けている場合には、令和9年分以降は10万円控除の対象外となり、純粋な増税となってしまいます。
電子帳簿への対応で「最大75万円」への拡充も
一方で、適正な記帳とデジタル化を行う納税者にはメリットも用意されています。 複式簿記による記帳と「e-Tax（電子申告）」を行うことで適用される65万円控除は、引き続き維持されます。さらに、電子帳簿保存法の一定要件を満たす「優良な電子帳簿」を備え付けている場合には、控除額が65万円から75万円へと引き上げられます。
今回の改正は、一定規模以上の事業者について、複式簿記による適正な記帳と電子化を促す内容となっています。
令和8年中に準備しておきたい3つのこと
控除を維持・拡大するためには、複式簿記への移行が実質的に必要となります。令和9年からの新制度にスムーズに対応できるよう、今のうちから以下の3点を確認しておきましょう。
① 会計ソフトが複式簿記対応か確認
現在使用しているシステムや記帳方法が複式簿記の要件を満たしているかチェックします。
② e-Taxの利用環境を整える
65万円以上の控除には電子申告が必須となるため、マイナンバーカードやICカードリーダー等の準備を進めます。
③ 電子帳簿保存法への対応状況を確認
75万円控除を目指す場合は、「優良な電子帳簿」の要件を満たす設定・運用ルールになっているか専門家と確認します。
これまで「ご自身で申告」されてきた院長先生へ
多くの場合、税理士へ依頼しているクリニックでは複式簿記による記帳が行われています。つまり、今回の法改正で最も影響を受けるのは、これまでご自身で簡易的な帳簿を作成し、確定申告をされてきた院長先生です。日々の診療の合間を縫って、ご自身で複雑な複式簿記へ移行し、さらに電子化への対応まで進めるのは少なくない負担となります。
ペンデル税理士法人では、これまでご自身で申告されてきた個人クリニックの皆様に向けた、複式簿記への移行サポートや正確な確定申告の代行、電子化への対応をトータルで承っております。制度変更を機に、煩雑な経理業務を手放して本業に専念したいとお考えの先生は、ぜひお早めにペンデルまでご相談ください。
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（参考）
国税庁：「簡易簿記による10万円の青色申告特別控除を適用している皆様へ（令和9年分から青色申告特別控除はどう変わる？）」パンフレット（PDF）
